Nació el 26 de mayo de 1928 en Punta Arenas, Región de Magallanes.  Ingresó a la escuela primaria en 1936, en el colegio San Francisco de Puerto Montt, terminando la enseñanza media en el Liceo de Hombres de Punta Arenas.

En 1947 ingresó a la Escuela Normal Superior José Abelardo Núñez, de Santiago, donde se formó como profesor de Educación Primaria Urbana. Desde entonces se dedicó a la enseñanza como profesor normalista. En 1955 contrajo matrimonio con Elizabeth Jofré González, con quien tuvo dos hijas y dos hijos.

Entre 1952 y 1973 tuvo participación en diferentes instancias de promoción y defensa de los derechos humanos, principalmente, en lo laboral. Fue parte activa de la Unión de Profesores (UPECH) y de la Federación de Educadores (FEDECH). Más tarde, fue uno de los fundadores del Sindicato Único de Trabajadores de la Educación (SUTE), desde donde trabajó activamente por los derechos laborales de quienes se dedicaban a la enseñanza, desde la Región de Magallanes. 

En 1966 Manuel fue también dirigente de la Central Única de Trabajadores (CUT) de Magallanes, participando como delegado en distintos congresos provinciales y nacionales. Entre 1984 y 1990 fue vicepresidente de la Asamblea de la Civilidad -agrupación multigremial creada en Chile durante la dictadura de Augusto Pinochet, que proponía la movilización social como forma de presión para lograr el retorno a la democracia-, además de vicepresidente de la Federación de Colegios de Profesionales y de la Comisión de Defensa de la Educación. 

Participó en la fundación de la Asociación Gremial de Educadores de Chile en Magallanes (AGECH) y fue presidente del Colegio de Profesores de Magallanes, entre 1984 y 1989, participando también como dirigente del Comando Multigremial de Magallanes, entre 1986 y 1989. Posteriormente de la Central Unitaria de Trabajadores, entre 1989 y 1991.

Manuel Águila -militante del Partido Comunista de Chile por más de 50 años- destacó durante el régimen dictatorial por su defensa de los derechos humanos de quienes sufrían persecución política, terrorismo de Estado o eran víctimas de tortura. En el contexto de las crecientes movilizaciones para terminar con el régimen, el profesor Águila se entregó por entero a actuar por la educación pública, con la esperanza de contribuir a la superación de la desigualdad social y la pobreza. En este contexto, fue exonerado (privado o marginado de su ocupación o empleo por motivos políticos) en el año 1987. 

Se reincorporó a la educación pública en 1990 y junto a otros docentes, organizó “ollas comunes” para ir en ayuda de profesores/as exonerados/as por la dictadura. Posteriormente, ha sido parte activa en acciones de memoria, como la romería de los ejecutados políticos de Tierra del Fuego, actividad que se mantiene hasta hoy. 

En su calidad de profesor encabezó gestiones para esclarecer la verdad sobre la desaparición del profesor Juan Yankovic Kusic y otras cinco personas extrañamente desaparecidas y de quienes hasta la fecha se desconoce el paradero.

El profesor Manel Águila Contreras falleció el 30 de julio de 2007 en Punta Arenas.

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Instituto Nacional de Derechos Humanos. (2013). Defensores y defensoras de derechos humanos. Recuperado el (día) de (mes) de (año), de https://www.defensoresydefensoras.indh.cl